MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter cetorum MIT 00-7128 plasmid pHCW

Total Repeats: 212

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017738	AAC	2	6	190	195	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748712
2	NC_017738	AGAATT	2	12	206	217	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386748712
3	NC_017738	ATT	2	6	224	229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386748712
4	NC_017738	AGA	2	6	230	235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386748712
5	NC_017738	TA	3	6	294	299	50 %	50 %	0 %	0 %	386748712
6	NC_017738	GAAAAA	2	12	378	389	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386748712
7	NC_017738	A	7	7	385	391	100 %	0 %	0 %	0 %	386748712
8	NC_017738	CAA	2	6	395	400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748712
9	NC_017738	ACCA	2	8	415	422	50 %	0 %	0 %	50 %	386748712
10	NC_017738	AAC	2	6	435	440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748712
11	NC_017738	AGAGCC	2	12	451	462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386748712
12	NC_017738	A	8	8	467	474	100 %	0 %	0 %	0 %	386748712
13	NC_017738	GAT	2	6	657	662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748713
14	NC_017738	ACT	2	6	800	805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748713
15	NC_017738	GAT	2	6	808	813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748713
16	NC_017738	A	7	7	814	820	100 %	0 %	0 %	0 %	386748713
17	NC_017738	ACCT	2	8	865	872	25 %	25 %	0 %	50 %	386748713
18	NC_017738	TC	3	6	927	932	0 %	50 %	0 %	50 %	386748713
19	NC_017738	TGA	2	6	975	980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748713
20	NC_017738	TAA	3	9	1020	1028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748713
21	NC_017738	TGA	2	6	1032	1037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748713
22	NC_017738	GATA	2	8	1056	1063	50 %	25 %	25 %	0 %	386748713
23	NC_017738	A	6	6	1138	1143	100 %	0 %	0 %	0 %	386748713
24	NC_017738	C	6	6	1151	1156	0 %	0 %	0 %	100 %	386748713
25	NC_017738	A	7	7	1170	1176	100 %	0 %	0 %	0 %	386748713
26	NC_017738	CCA	2	6	1184	1189	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386748713
27	NC_017738	A	7	7	1198	1204	100 %	0 %	0 %	0 %	386748713
28	NC_017738	ACA	2	6	1217	1222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748713
29	NC_017738	TTA	2	6	1242	1247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386748713
30	NC_017738	ACT	2	6	1291	1296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748713
31	NC_017738	AACAA	2	10	1390	1399	80 %	0 %	0 %	20 %	386748713
32	NC_017738	AAG	2	6	1439	1444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386748713
33	NC_017738	A	6	6	1481	1486	100 %	0 %	0 %	0 %	386748713
34	NC_017738	ACT	2	6	1818	1823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748714
35	NC_017738	TTTAA	2	10	1847	1856	40 %	60 %	0 %	0 %	386748714
36	NC_017738	A	6	6	1872	1877	100 %	0 %	0 %	0 %	386748714
37	NC_017738	A	6	6	1914	1919	100 %	0 %	0 %	0 %	386748714
38	NC_017738	AAAAC	2	10	1936	1945	80 %	0 %	0 %	20 %	386748714
39	NC_017738	TAA	2	6	1954	1959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748714
40	NC_017738	AAAT	2	8	1992	1999	75 %	25 %	0 %	0 %	386748714
41	NC_017738	TTG	2	6	2029	2034	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386748714
42	NC_017738	CAA	2	6	2066	2071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748714
43	NC_017738	ACA	2	6	2088	2093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748714
44	NC_017738	TGA	2	6	2113	2118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748714
45	NC_017738	GAAA	2	8	2138	2145	75 %	0 %	25 %	0 %	386748714
46	NC_017738	A	6	6	2175	2180	100 %	0 %	0 %	0 %	386748714
47	NC_017738	TGA	2	6	2222	2227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748715
48	NC_017738	A	7	7	2261	2267	100 %	0 %	0 %	0 %	386748715
49	NC_017738	TCTA	2	8	2359	2366	25 %	50 %	0 %	25 %	386748715
50	NC_017738	GAT	2	6	2373	2378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748715
51	NC_017738	ACC	2	6	2453	2458	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386748716
52	NC_017738	CAAG	2	8	2558	2565	50 %	0 %	25 %	25 %	386748716
53	NC_017738	A	6	6	2572	2577	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
54	NC_017738	ATT	2	6	2582	2587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386748716
55	NC_017738	A	7	7	2610	2616	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
56	NC_017738	TAG	2	6	2667	2672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748716
57	NC_017738	CCA	2	6	2691	2696	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386748716
58	NC_017738	TGA	2	6	2788	2793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748716
59	NC_017738	AAT	2	6	2795	2800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748716
60	NC_017738	ACC	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386748716
61	NC_017738	TTA	2	6	2835	2840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386748716
62	NC_017738	CAA	2	6	2845	2850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748716
63	NC_017738	ATG	2	6	2867	2872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748716
64	NC_017738	GAAA	2	8	3007	3014	75 %	0 %	25 %	0 %	386748716
65	NC_017738	AAAAGA	2	12	3034	3045	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386748716
66	NC_017738	TAA	2	6	3114	3119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748716
67	NC_017738	CCAA	2	8	3135	3142	50 %	0 %	0 %	50 %	386748716
68	NC_017738	TATC	2	8	3176	3183	25 %	50 %	0 %	25 %	386748716
69	NC_017738	A	6	6	3185	3190	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
70	NC_017738	A	7	7	3244	3250	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
71	NC_017738	T	6	6	3254	3259	0 %	100 %	0 %	0 %	386748716
72	NC_017738	AAAC	2	8	3277	3284	75 %	0 %	0 %	25 %	386748716
73	NC_017738	TGA	2	6	3295	3300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748716
74	NC_017738	T	7	7	3304	3310	0 %	100 %	0 %	0 %	386748716
75	NC_017738	GAA	2	6	3350	3355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386748716
76	NC_017738	CTA	2	6	3437	3442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748716
77	NC_017738	A	6	6	3452	3457	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
78	NC_017738	AAAG	2	8	3482	3489	75 %	0 %	25 %	0 %	386748716
79	NC_017738	CAAAG	2	10	3497	3506	60 %	0 %	20 %	20 %	386748716
80	NC_017738	ACC	2	6	3557	3562	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386748716
81	NC_017738	AACAAG	2	12	3666	3677	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386748716
82	NC_017738	AG	3	6	3713	3718	50 %	0 %	50 %	0 %	386748716
83	NC_017738	ACTACA	2	12	3805	3816	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386748716
84	NC_017738	A	6	6	3828	3833	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
85	NC_017738	A	6	6	3898	3903	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
86	NC_017738	A	6	6	3981	3986	100 %	0 %	0 %	0 %	386748716
87	NC_017738	T	7	7	4433	4439	0 %	100 %	0 %	0 %	386748717
88	NC_017738	CTT	2	6	4458	4463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386748717
89	NC_017738	A	6	6	4576	4581	100 %	0 %	0 %	0 %	386748718
90	NC_017738	TGA	2	6	4599	4604	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748718
91	NC_017738	CAA	2	6	4639	4644	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748718
92	NC_017738	A	6	6	4643	4648	100 %	0 %	0 %	0 %	386748718
93	NC_017738	AG	3	6	4702	4707	50 %	0 %	50 %	0 %	386748718
94	NC_017738	TTG	2	6	4729	4734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386748718
95	NC_017738	TA	3	6	4738	4743	50 %	50 %	0 %	0 %	386748718
96	NC_017738	TTAGG	2	10	4769	4778	20 %	40 %	40 %	0 %	386748718
97	NC_017738	T	6	6	4833	4838	0 %	100 %	0 %	0 %	386748719
98	NC_017738	TAA	2	6	4857	4862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748719
99	NC_017738	ACTC	2	8	4928	4935	25 %	25 %	0 %	50 %	386748719
100	NC_017738	CTT	2	6	5096	5101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386748719
101	NC_017738	TAA	2	6	5219	5224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748719
102	NC_017738	T	6	6	5225	5230	0 %	100 %	0 %	0 %	386748719
103	NC_017738	ATGTA	2	10	5233	5242	40 %	40 %	20 %	0 %	386748719
104	NC_017738	TGCTC	2	10	5249	5258	0 %	40 %	20 %	40 %	386748719
105	NC_017738	T	6	6	5268	5273	0 %	100 %	0 %	0 %	386748719
106	NC_017738	CTTG	2	8	5324	5331	0 %	50 %	25 %	25 %	386748719
107	NC_017738	CTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748719
108	NC_017738	TTG	2	6	5368	5373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386748719
109	NC_017738	GTAA	2	8	5456	5463	50 %	25 %	25 %	0 %	386748719
110	NC_017738	ATA	2	6	5535	5540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748719
111	NC_017738	G	6	6	5567	5572	0 %	0 %	100 %	0 %	386748719
112	NC_017738	TC	3	6	5583	5588	0 %	50 %	0 %	50 %	386748719
113	NC_017738	AGTA	2	8	5599	5606	50 %	25 %	25 %	0 %	386748719
114	NC_017738	GTAA	2	8	5631	5638	50 %	25 %	25 %	0 %	386748719
115	NC_017738	TTA	2	6	5707	5712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386748719
116	NC_017738	ATC	2	6	5736	5741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748719
117	NC_017738	TAG	2	6	5921	5926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386748719
118	NC_017738	T	6	6	5994	5999	0 %	100 %	0 %	0 %	386748719
119	NC_017738	T	7	7	6041	6047	0 %	100 %	0 %	0 %	386748719
120	NC_017738	T	6	6	6056	6061	0 %	100 %	0 %	0 %	386748719
121	NC_017738	AG	3	6	6542	6547	50 %	0 %	50 %	0 %	386748720
122	NC_017738	T	6	6	6617	6622	0 %	100 %	0 %	0 %	386748720
123	NC_017738	T	6	6	6689	6694	0 %	100 %	0 %	0 %	386748721
124	NC_017738	TAA	2	6	6713	6718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748721
125	NC_017738	ACTC	2	8	6784	6791	25 %	25 %	0 %	50 %	386748721
126	NC_017738	CTT	2	6	6952	6957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386748721
127	NC_017738	TAA	2	6	7075	7080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748721
128	NC_017738	TAGTT	2	10	7092	7101	20 %	60 %	20 %	0 %	386748721
129	NC_017738	CTTG	2	8	7180	7187	0 %	50 %	25 %	25 %	386748721
130	NC_017738	CTA	2	6	7201	7206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386748721
131	NC_017738	TTG	2	6	7224	7229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386748721
132	NC_017738	ATA	2	6	7391	7396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748721
133	NC_017738	TAA	2	6	7454	7459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386748721
134	NC_017738	TTG	2	6	7563	7568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386748721
135	NC_017738	TCT	2	6	7593	7598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386748721
136	NC_017738	CAA	2	6	7600	7605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386748721
137	NC_017738	TTA	2	6	7819	7824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386748721
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.